עמית יפרח מכהן כמזכ"ל תנועת המושבים וכיו"ר התאחדות חקלאי ישראל.
במסגרת תפקידו מלווה את האגודות החקלאיות בתהליכים השונים שעוברים על המושב, הן בהסדרת מערכת היחסים בין הוועדים והן בטיפול וליווי בהליכים מול השלטון המרכזי בכל ענייני הקרקעות, ניהול אגודה שיתופית ובנושא עיגון הזכויות בקרקע.

יפרח משתתף קבוע בישיבות רשות מקרקעי ישראל מטעם המרחב הכפרי וכלל התנועות המיישבות. חבר בוועדות ציבוריות בענייני מקרקעין, תכנון ובניה ושימש יו"ר פורום התיישבות ורשות מקרקעי ישראל בלשכת עורכי הדין.

בנובמבר 2022 קיבל את פרס אות החלוצים החדשים לשנת 2021-2022 של האיגוד הספרדי העולמי. בינואר 2023 נבחר לתפקיד יו״ר חבר הנאמנים של המכללה האקדמית אחוה.

עם פרוץ מלחמת חרבות ברזל, יפרח מלווה את הישובים המפונים מצפון ומדרום המדינה. עובד עם מנהלת תקומה לגבי עתיד העוטף, החקלאות והשבת הקהילות בו ופועל ללא לאות להקמת מנהלת תקומה בצפון הארץ.